НОВОСТИ

Изменения в геноме, характерные для рака, выявлены в окружающих доброкачественных тканях

Международная группа исследователей с помощью пространственной транскриптомики создала геномную карту поперечного среза предстательной железы, пораженной раком. Они показали, что гистологически доброкачественные ткани могут иметь генетические характеристики, свойственные раковым клеткам.
Для понимания того, как злокачественная опухоль растет и развивается, важно изучить, какие клетки дают началу каждой ее части. Однако в настоящее время при исследовании опухоли обычно берут небольшой образец и анализируют ДНК сразу всех его клеток. Это дает представление только о части пораженного раком органа, в то время как многие раки имеют сложную пространственную структуру. Решить эту проблему помогает пространственная транскриптомика.
Международная группа ученых использовала системный подход и пространственную транскриптомику, чтобы получить представление о соматических мутациях, характерных для опухоли и окружающих ее тканей, а также об ее клональных особенностях. В новой работе авторы исследовали вариации числа копий (CNV) в 120 000 областей срезов предстательной железы, пораженной раком, и других органов. В результате они продемонстрировали, что разные CNV формируют клональные паттерны в опухолях и в близлежащих доброкачественных тканях, а значит, геномная нестабильность в доброкачественной ткани может быть ранним событием в развитии рака.
Авторы получили поперечные срезы образцов предстательных желез с многоочаговыми злокачественными образованиями. Срезы разделили на кубы, отпечатки тканей были гистологически классифицированы. Экспрессию генов измерили на срезах и на отпечатках образцов. Объединив данные секвенирования РНК и FISH (fluorescence in situ hybridization), авторы делают вывод о вариациях CNV в пространстве органа.
CNV помогают различить группы клеток с похожими генетическими изменениями — клоны. Исследователи продемонстрировали, что в гистологически доброкачественных тканях присутствуют CNV, свойственные злокачественным новообразованиям.
Известно, что CNV в областях генома, которые кодируют определенные гены (например, MYC и PTEN), возникают на ранних стадиях онкогенеза. Однако в новой работе те же CNV были показаны в доброкачественных тканях. Исследователи говорят о том, что только клонального статуса и CNV недостаточно для немедленной трансформации здоровых тканей. Выводы подтвердили на других здоровых тканях и пораженных органах.
Таким образом, авторы показали новый способ изучения генома трехмерного органа. Работа поднимает важные вопросы об эволюции рака, соматическом мозаицизме и развитии тканей.

https://pcr.news/novosti/izmeneniya-v-genome-kharakternye-dlya-raka-vyyavleny-v-okruzhayushchikh-dobrokachestvennykh-tkanyakh/